Komplex wird es hingegen beim Einsatz von Workflow-Systemen oder maßgeschneiderter Software. Der Markführer SAP bietet sein System R/3 erst seit einigen Jahren auch für Linux an (neben Unix und Windows). Zunächst war es ein „Hobby“ einiger SAP-Programmierer, doch die stetig wachsende Kundennachfrage ließ daraus ein offizielles Produkt werden.
Doch bei R/3, Baan oder Peoplesoft ist nicht das Hauptprogramm, die Engine, das Problem, sondern die Programmierung drum herum, etwa ABAP-Programme. Sie sind fast immer maßgeschneidert, und je enger die Programmierer sich hier an eine Plattform gebunden haben desto schwieriger ist die Migration.
Hat die Firma oder Verwaltung beim Softwareeinkauf gespart und die Rechte am Quelltext, dem Sourcecode, nicht miterworben, ist sie auf die Mithilfe des Softwarehauses angewiesen, denn ohne Quelltext ist eine Umstellung so gut wie unmöglich oder sehr teuer. Liegen die Quellen vor oder ist das Softwarehaus beim Migrieren behilflich, hängt es nur noch vom Bindungsgrad ab.
Am schlimmsten ist eine Migration jedoch bei kompletter Neuprogrammierung, bei von Grund auf maßgeschneiderter Software, und die ist in Verwaltungen oder Großindustrie gar nicht so selten. Denn bei großen Betrieben ist es manchmal teurer, Standardsoftware durch Erweiterung an den betrieblichen Ablauf anzupassen als gleich neu zu programmieren. Von Grund auf neu entwickelte Software ist jedoch fast immer stark an ihre Entwicklungsplattform gebunden, und daher oft ein Grund, eine Migration nicht vollständig durchzuführen.
Es kommt in der Praxis ziemlich häufig vor, dass bei Plattformwechsel einzelne Anwendungen auf ihrem alten Betriebssystem verbleiben, und erst mit dem nächsten Upgrade oder bei einer Neuanschaffung umgestellt werden. Das führt natürlich zu einem heterogenen Netz, was in sich nicht ein Problem sein muss, aber den Wartungsaufwand erhöht.
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