Das Patent-Konzept belohnt die Offenlegung damit, das Verfahren im Anmeldegebiet zwanzig Jahre lang exklusiv (etwa durch Vergabe von Nutzungsrechten) verwerten zu dürfen. Ein ähnlicher wirtschaftlicher Anreiz zur Veröffentlichung fehlt im Open Source-Konzept. Dort wird im Kern an das technische Interesse der Entwickler an brauchbaren Code appelliert und an einer ehrlichen Beteiligung am gemeinschaftlichen Verbesserungsprozess.
Dennoch hat sich Open Source auch wirtschaftlich etabliert. Die Attraktivität der so entstandenen Programme liegt vor allem darin, dass bewährte Verfahren und Produkte (Unix, SQL-Datenbanken etc.) häufig weit preisgünstiger auf den Markt kommen, als ihre binär kodierten Vorbilder. Außerdem führt die Neukodierung und das Community-Verfahren meist zu einer Qualitätsverbesserung.
Da Patente aber nicht den Code, sondern das Verfahren schützen, führt das Nachentwickeln einer Software fast unweigerlich in Patentrechtskonflikte. Für deren Nutzung zahlen oder auch nur nach möglichen Patenten recherchieren zu müssen, treibt jedoch die Kosten der Entwickler in die Höhe und nimmt insbesondere den Freaks viel vom Programmierspaß. Auch auf die Nutzer kommen ohne gründliche Patentrecherche, wie das Beispiel der Stadt München zeigt, unwägbare Kostenrisiken zu. Die Gefahr einer Kostenexplosion wurde hier abgewendet, weil die Patentinhaber auf Wahrnehmung ihrer Rechte verzichtet haben. Das bedeutet, das Projekt war von der Freigebigkeit von der Patentinhaber abhängig. Diese aber könnten sich in späteren Fällen auch anders verhalten.
Wie groß die Gefährdung des Open Source-Konzepts tatsächlich ist, lässt sich schwer einschätzen. Tatsache ist, dass Patentregelungen dem Aufstieg der Open Source-Bewegung bislang nicht geschadet haben. Zu groß ist das Interesse der Anwender und einflussreicher IT-Unternehmen (IBM, HP, Sun etc.), die proprietären Software-Anbieter mit Open Source-Konkurrenz unter Kosten- und Innovations-Druck zu setzen. Daran wird vermutlich auch ein europaweit harmonisiertes Patentrecht wenig ändern, zumal es sich kaum vom bisherigen nationalen Recht unterscheidet.
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