Der Computer besteht aus Note-Boards, die mit den Prozessoren bestückt sind. Auf jedem Board befinden sich 32 Prozessoren, die, wie man auf dem Bild sehen kann, sehr dicht nebeneinander gesteckt werden können. Die Prozessoren benötigen keine komplexe Elektronik, da Blue Gene letztendlich primär dafür konzipiert wurde, immer nur eine Aufgabe auf einmal auszuführen - wohl eine wirklich große Aufgabe, aber eben doch nur diese eine.