Gerade die angepassten und rekompilierten Open-Source-Anwendungen lassen interessante Vergleiche zwischen Portable Apps und U3 zu. Daneben gehören sie schon wegen der freien Verfügbarkeit zu den interessantesten Applikationen im U3-Portfolio.
Der E-Mail-Client, den die meisten USB-Stick-User favorisieren werden, ist Mozilla Thunderbird. Im Vergleich bootet die Portable-App-Version von Thunderbird wesentlich schneller (5 Sekunden) als die U3-Version (11 Sekunden – beide vom gleichen Stick gestartet). Diese Zeit holt die U3-Version aber durch das nötige Starten des Explorers und die Suche nach dem richtigen Verzeichnis in etwa wieder herein. Dabei fällt weiter auf, dass die Portable App nicht isoliert wird von anderen Versionen des Programms. Läuft bereits ein Thunderbird, wechselt Windows XP nach dem Doppelklick auf die portable EXE-Datei zu dieser, statt eine weitere Instanz des Programms zu erstellen, wie dies bei U3 der Fall wäre.
Einige Ungereimtheiten treten beim Einsatz des Browsers Firefox als U3-Version auf. So speichert der Browser Änderungen der Startseite nicht, sondern verwendet immer den Webauftritt des Sponsors als Startseite. Andere geänderte Einstellungen, zum Beispiel Bookmarks oder Sicherheitsoptionen, bleiben aber durchaus erhalten.
Außerdem wird der U3-Firefox zum Standardbrowser, solange er läuft – klickt man auf einen Weblink, etwa in einem Instant Messenger oder einer E-Mail, öffnet sich die Website in Firefox.
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