Ebenso wie einige andere Desktop-Umgebungen verfügt Gnome über eine Reihe vorkonfigurierter Standards zum Öffnen von Dateien und Starten von Anwendungen in Abhängigkeit vom Dateityp. Beispielsweise öffnen sich URLs standardmäßig in einem Webbrowser, E-Mails in einem Mail-Client und Textdateien in einem Texteditor. Je nach den installierten Anwendungen und der verwendeten Distribution können diese Standards unterschiedlich sein, vor allem aber entsprechen sie möglicherweise nicht dem, was der Benutzer wünscht.
Die Konfiguration von Standardanwendungen und -zuordnungen ist in Gnome ganz einfach. Um die allgemeine Standardanwendung zu ändern, muss man System -> Einstellungen -> Bevorzugte Anwendungen öffnen. Hier kann der Nutzer seine bevorzugten Einstellungen für Standardbrowser, Mail-Client, Multimediaplayer und verschiedene Zugangsprogramme festlegen sowie die Terminalanwendung bestimmen, die er verwenden möchte. Wenn man also Thunderbird dem in Gnome standardmäßig eingestellten E-Mail-Client Evolution vorzieht, lässt sich dies hier voreinstellen.
Die Anwendungen zum Öffnen verschiedener Dateitypen werden über Nautilus definiert. Dazu muss ein Nautilus-Fenster geöffnet und eine Datei ausgewählt werden, für die die Standard-Zuordnung geändert werden soll. Beispielsweise werden Textdateien standardmäßig mit dem GEdit-Programm geöffnet, doch wenn man Dateien mit den Endungen .py (python) und .php (PHP) generell der Komodo IDE zuordnen will, muss man die Standardeinstellungen ändern.
Wer mit der rechten Maustaste auf eine .py-Datei klickt, kann die Option „Mit anderer Anwendung öffnen“ benutzen, sofern es sich um eine einmalige Zuordnung handelt. Andernfalls ist die Option Eigenschaften zu wählen und die sich öffnende Registerkarte „Öffnen mit“. Hier sind einige Anwendungen aufgelistet, wobei GEdit als Standard eingestellt ist (ein markierter Aufzählungspunkt zeigt an, mit welcher Anwendung die Datei standardmäßig geöffnet wird).
Nun muss der Nutzer auf die Schaltfläche „Hinzufügen“ klicken und dann durch die Liste scrollen. Wenn die gewünschte Anwendung aufgeführt ist, lässt sie sich einfach auswählen. Andernfalls hat der Benutzer die Möglichkeit, auf das Dreieck neben „Einen benutzerdefinierten Befehl verwenden“ zu klicken und entweder zum Speicherort der Anwendung zu navigieren oder er kann den kompletten Pfad und Dateinamen für die Anwendung eingeben. Um die Komodo IDE der .py-Datei zuzuordnen, muss der komplette Pfad zu der Anwendung eingegeben werden, etwa /usr/local/bin/komodo. Im Dialogfeld „Öffnen mit“ sieht man die Anwendung nun aufgelistet und kann einfach das Optionsfeld neben der Anwendung aktivieren und dann auf die Schaltfläche „Schließen“ klicken.
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