EMET ist von der Bedienung her schlicht und einfach gehalten. Für die Sicherheitsfeatures Data Execution Prevention (DEP), Structured Exception Handler Overwrite Protection (SEHOP) und Address Space Layout Randomization (ASLR) lassen sich globale Einstellungen vornehmen. Alle anderen können nur für jeden Prozess einzeln aktiviert oder deaktiviert werden. Das bedeutet viel Arbeit bei der Konfiguration des Tools.