Deutlich komplexer ist die Auswahl des richtigen Festplattenlayouts. Man hat die Wahl zwischen einer Datei im Dateisystem, die dann als Image einer physikalischen Platte für das Gastbetriebssystem genutzt wird, und der Nutzung einer gesamten physikalischen Platte für ein Gastbetriebssystem, die dann der Hostmaschine nicht mehr zur Verfügung steht. Vmware bietet zusätzlich die Möglichkeit, nur einzelne Partitionen einer physikalischen Platte im Gastbetriebssystem zu nutzen.
Damit muss man auch zwischen Performance und Flexibilität wählen. Die Nutzung einer gesamten physikalischen Platte oder Partition ist deutlich schneller als das Arbeiten mit einer Imagedatei. Plant man jedoch, sich den Umzug einer Gastmaschine auf eine andere Hostmaschine zumindest vorzubehalten, so ist die Imagedatei die bessere Wahl.
Erheblich einfacher wird es mit einem Storagesystem, das der Hostmaschine eine physikalische Platte in der gewünschten Größe zur Verfügung stellen kann. Sie wird dann vom Gastbetriebssystem Eins zu Eins genutzt. Bei einem Serverumzug der Gastmaschine kann die Platte dann kurzfristig von der neuen Hostmaschine verwendet werden.
Als Festplattentechnik stehen SCSI oder IDE respektive SATA zur Auswahl. SCSI bietet deutliche Performance-Vorteile. Da weder Virtual Server von Microsoft noch Vmware Server im Gastbetriebssystem virtualisierte Treiber für IDE anbieten (sondern nur für SCSI), lässt sich eine optimale Leistung nur mit SCSI-Lösungen erreichen.
Insbesondere bei Linux als Gastbetriebssystem muss beachtet werden, dass nach der Installation der virtuellen Treiber ein anderer SCSI-Controller als bei der Installation von Linux eingestellt ist. ALso muss man unbedingt den Hinweise der Linux-Distributionen zum Wechseln des SCSI-Controllers folgen.
Soll statt einer realen Festplatte die virtuelle Maschine auf einer Image-Datei installiert werden, muss man bei Vmware Server aufs Dateiformat achten: SCSI und IDE sind nicht kompatibel. Eine mit einem IDE-System erstellte Image-Datei kann nicht in einen SCSI-Rechner genutzt werden. Umgekehrt gilt das gleiche.
Bei Microsoft Virtual Server existiert dieses Problem nicht: Hier kann eine Imagedatei logisch von IDE nach SCSI umgewandelt werden.
Beide Systeme bieten die Möglichkeit, Imagedateien nicht gleich in der vollen Größe anzulegen, sondern bei Bedarf wachsen zu lassen. Dies ist eine sinnvolle Option für Testzwecke, um erheblichen Speicherplatz zu sparen. Für den Produktivbetrieb sollte eine Imagedatei jedoch gleich in der vollen Größe und vor allem unfragmentiert angelegt werden. Sonst entsteht möglicherweise ein nicht unerhebliches Problem mit Doppelfragmentierung auf Host- und Gastbetriebssystem.
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