Generell leidet in Windows Server 2008 die Kompatibilität mit Unix. In einer gemischten Umgebung aus Windows- und Unix-Rechnern kommt es zu Problemen. Einen Großteil der Anwender dürfte treffen, dass es mit der Winbind-Komponente von Samba nicht mehr möglich ist, Linux-Rechner in eine Active-Directory-Domain zu nehmen.
Ein neuerer Patch behebt das Problem. Er ist aber bisher nur in Fedora 8 und neuer eingeflossen. Ein Microsoft-Whitepaper beschreibt das recht umständliche Prozedere, um Fedora-8-Rechner in eine Active-Directory-Domain von Windows 2008 zu bekommen. Mit enterprisefähigen Linux-Distributionen, etwa SLES 10 oder RHEL 5, ist das bisher nicht möglich, ohne auf selbst kompilierte Samba-Versionen umzusteigen. Gleiches gilt für Mac OS X 10.5.
Ebenso gibt es Probleme, wenn die Windows-DNS-Service als Sekundär-DNS-Server von Bind-Servern genutzt werden. Der erste Zonentransfer geschieht problemlos. Sobald der primäre Server jedoch eine neue Serial meldet, ist die gesamte Zone auf dem Windows Server 2008 nicht mehr nutzbar. Bis auf den SOA-Record sind alle Einträge verschwunden, siehe Bilder 4 und 5.
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