SPEC nimmt Supercomputing-Benchmark aus München in Sammlung auf

RAxML rekonstruiert Stammbäume aus Erbgutinformationen. Es gehört in diesem Bereich zu den zehn wichtigsten Anwendungen weltweit. Entwickelt haben es Bioinformatiker gemeinsam mit dem Lehrstuhl für Rechnertechnik.

von Florian Kalenda am 15. April 2010 , 18:02 Uhr

Die Standard Performance Evaluation Corporation (SPEC) hat einen von Münchner Wissenschaftlern entwickelten Supercomputer-Benchmark in ihre Sammlung aufgenommen. Das Programm RAxML hat ein Team für Bioinformatik zusammen mit dem dem Lehrstuhl für Rechnertechnik und Rechnerorganisation an der TU München entwickelt. Es dient eigentlich dazu, aus Erbgutinformationen ganze Stammbäume von Lebewesen zu berechnen.

Mit Benchmark-Programmen können Hersteller und Forschungsinstitute prüfen, ob ein Supercomputer für bestimmte Aufgabenstellungen geeignet ist. Das Portfolio der SPEC gilt als die wichtigste internationale Sammlung solcher Benchmarks. Das Leibniz-Rechenzentrum der TU München im Vorort Garching ist selbst SPEC-Mitglied.

RAxML gehört derzeit den Entwicklern zufolge zu den zehn weltweit am weitesten verbreiteten Anwendungen zur Rekonstruktion von Stammbäumen. Die wissenschaftliche Publikation zu dieser Anwendung zählt zu den am häufigsten zitierten Informatik-Veröffentlichungen der letzten fünf Jahre.

Die Programmentwicklung wird durch das Bayerische Kompetenznetzwerk für technisch-wissenschaftliches Hoch- und Höchstleistungsrechnen (Konwihr) unterstützt. Die Arbeitsgruppe Bioinformatik unter Leitung von Alexandros Stamatakis fördert außerdem die Deutsche Forschungsgemeinschaft über ihr Emmy-Noether-Programm.